Для этого просто групповой обработкой реквизитов меняем формулу начисления «Отпуск основной» на следующую:

 

?(Мрот=0 , СреднийЗаработокОбщий * КоличествоДнейОтпуска * КоэффициентИндексацииСреднегоЗаработка,(МАКС(СреднийЗаработокОбщий * КоличествоДнейОтпуска * КоэффициентИндексацииСреднегоЗаработка , МРОТ * ДоляНеполногоРабочегоВремени * КоличествоДнейОтпуска / 29.3)))